• Ở năm thứ ba, chương trình sẽ chỉ có 1 trường đại học được mời tham dự. Nhưng thay vì mặc áo cử nhân như hai năm trước, các thí sinh sẽ chuyển sang áo đồng phục đỏ và trắng. Các thí sinh sẽ không ngồi trên sàn thi đấu mà đứng trên một bục đứng gồm 100 chỗ.
• Sàn thi đấu sẽ chuyển giao diện từ xanh lá - vàng thành đỏ - trắng.
• Khung giờ phát sóng được chuyển từ 21h tối thứ 2 sang 10h sáng Chủ nhật.

Chương trình đã tạm dừng phát sóng vào ngày 17/5/2009, do trùng với thời gian diễn ra trận chung kết Đường lên đỉnh Olympia năm thứ 9.

Chung kết Rung chuông vàng 2009

Trận chung kết năm thứ ba được tổ chức tại Văn Miếu - Quốc Tử Giám vào đêm 13/09/2009 và phát sóng vào ngày 18/10/2009 với sự tham gia của 102 bạn sinh viên, do có 1 chương trình có 4 thí sinh giành chiến thắng vào trận đó.

Người thắng cuộc

Điều bất ngờ đã xảy ra khi có tới 2 thí sinh cùng rung được chuông vàng (cùng trả lời được câu thứ 20) là Nguyễn Nguyễn Thái Bảo (Đại học Y Dược Huế, á quân Đường lên đỉnh Olympia năm thứ 5) và Nguyễn Thị Bích Hồng (Học viện Tài chính). Vì vậy, phần thưởng trị giá 40.000 USD của trận chung kết đã được ban tổ chức chia đều cho cả hai.[3]